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File metadata and controls

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ppmonitor

主要目的

内存监控

依赖的包及软件

python3.5以上

cycler (0.10.0)
matplotlib (2.1.1)
numpy (1.14.0)
pandas (0.21.1)
pip (9.0.1)
pyparsing (2.2.0)
python-dateutil (2.6.1)
pytz (2017.3)
scipy (1.0.0)
seaborn (0.8.1)
setuptools (38.4.0)
six (1.11.0)
wheel (0.30.0)

sysstat套件版本：

sysstat.x86_64 0:10.1.5-12.el7

版本更新说明

之前产生了一些问题，就是使用ppmonitor监控某个程序的时候，可能造成程序卡死，而本身程序脚本是没有问题的 可能是由于subprocess中输入输出导致阻塞（原因暂未查明）。为了尽快解决，将ppmonitor进行修改。 ppmonitor仅仅作为监控存在，脚本的运行由自己完成。

安装说明

  1. 从github上下载源码
  2. 解压 && cd in
  3. 利用pip3 install -r requirement.txt安装所依赖的包
  4. 利用python3 setup.py install安装该软件

使用说明

usage: ppmonitor.py [-h] -pid MAINPID -o OUT [-t TMP] [-log LOG]

shell脚本监控程序，监控shell脚本中每一行命令所用内存及cpu统计

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -pid MAINPID, --pid MAINPID
                        需要监控的进程号，程序会监控该进程号及其子进程
  -o OUT, --out OUT     输出目录prefix
  -t TMP, --tmp TMP     tmp目录，e.g. /tmp/
  -log LOG, --log LOG   log，e.g. test.sh.log

例如

ppmonitor \
    -pid 222 \
    -o ~/PROJECTS/variant_call_somatic_20180104/src/mutect2.stat \
    -t ~/TMPS/

结果说明

输出两个文件

目前该程序处于测试阶段，如果有任何建议或意见随时沟通提醒

  1. Time_VSZ_RSS.png(内存与时间关系图)

VSZ_PSS 2. summary.csv(各项数据统计结果)

为了便于输出，下面说明中的%在结果中可能会被p替代，例如%CPU可能在结果中为pCPU

统计中的时间均为秒，如图中所示的时间单位也均为秒。整个内存的统计是每10秒统计一次

  • PID - 被监控的任务的进程号
  • %usr - 当在用户层执行(应用程序)时这个任务的cpu使用率，和 nice 优先级无关。注意这个字段计算的cpu时间不包括在虚拟处理器中花去的时间。
  • %system - 这个任务在系统层使用时的cpu使用率。
  • %guest - 任务花费在虚拟机上的cpu使用率（运行在虚拟处理器）。
  • %CPU - 任务总的cpu使用率。在SMP环境(多处理器)中，如果在命令行中输入-I参数的话，cpu使用率会除以你的cpu数量。
  • CPU - 正在运行这个任务的处理器编号。
  • Command - 这个任务的命令名称。
  • kB_rd/s - 任务从硬盘上的读取速度（kb）
  • kB_wr/s - 任务向硬盘中的写入速度（kb）
  • kB_ccwr/s - 任务写入磁盘被取消的速率（kb）
  • minflt/s - 从内存中加载数据时每秒出现的小的错误的数目，这些不要求从磁盘载入内存页面。
  • majflt/s - 从内存中加载数据时每秒出现的较大错误的数目，这些要求从磁盘载入内存页面。
  • VSZ - 虚拟容量：整个进程的虚拟内存使用（Gb）
  • RSS - 长期内存使用：任务的不可交换物理内存的使用量（Gb）

实例

测试脚本：mutect2.sh

/usr/bin/java \
    -Djava.io.tmpdir=/TMPS/  \
    -Xmx4g \
    -jar GenomeAnalysisTK.jar \
    -T MuTect2 \
    -R hg19.fasta \
    -L target.intervals \
    -dt NONE \
    -I:tumor TEST1.bam  \
    -o Test1.mutect2.vcf.gz

运行：

ppmonitor \
    -sh mutect2.sh \
    -o ~/TMPS/mutect2.stat \
    -t ~/TMPS/

经过运行获得了以下文件：

  1. mutect2.stat.Time_VSZ_RSS.png

vsz_rss.png

  1. mutect2.stat.summary.csv