Allow hashing to be run retroactively

Author: bbimber

singlecell/resources/chunks/RunCellHashing.R

@@ -2,17 +2,32 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     seuratObj <- seuratObjects[[datasetId]]
     seuratObjects[[datasetId]] <- NULL
 
-    if (!(datasetId %in% names(featureData))) {
-        stop(paste0('No hashing information found for datasetId: ', datasetId))
-    }
+    for (id in unique(seuratObj$DatasetId)) {
+        if (!(id %in% names(featureData))) {
+            stop(paste0('No hashing information found for datasetId: ', id))
+        }
 
-    callFile <- featureData[[datasetId]]
-    if (!is.null(callFile)) {
-        seuratObj <- cellhashR::AppendCellHashing(seuratObj, barcodeCallFile = callFile, barcodePrefix = datasetId)
-    } else {
-        # Add empty columns to keep objects consistent
-        seuratObj$HTO <- c('NotUsed')
-        seuratObj$HTO.Classification <- c('NotUsed')
+        callFile <- featureData[[id]]
+        if (!is.null(callFile)) {
+            seuratObj <- cellhashR::AppendCellHashing(seuratObj, barcodeCallFile = callFile, barcodePrefix = id)
+        } else {
+            # Add empty columns to keep objects consistent
+            if (!'HTO' %in% names(seuratObj@meta.data)) {
+                seuratObj$HTO <- c('NotUsed')
+            } else {
+                seuratObj$HTO <- as.character(seuratObj$HTO)
+                seuratObj$HTO[seuratObj$DatasetId == id] <- 'NotUsed'
+                seuratObj$HTO <- naturalsort::naturalfactor(seuratObj$HTO)
+            }
+            
+            if (!'HTO.Classification' %in% names(seuratObj@meta.data)) {
+                seuratObj$HTO.Classification <- c('NotUsed')
+            } else {
+                seuratObj$HTO.Classification <- as.character(seuratObj$HTO.Classification)
+                seuratObj$HTO.Classification[seuratObj$DatasetId == id] <- 'NotUsed'
+                seuratObj$HTO.Classification <- naturalsort::naturalfactor(seuratObj$HTO.Classification)
+            }
+        }
     }
 
     newSeuratObjects[[datasetId]] <- seuratObj