diff --git a/README.md b/README.md index e0fd543..efaf85e 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -2,4 +2,4 @@ Example files for users to try out on the Pathoplexus [demo instance](https://demo.pathoplexus.org/). _(Please **do not** upload these to the main website!)_ -Currently example data is available for West Nile virus, Ebola Zaire, and CCHF. Metadata can be supplied in TSV or XLSX format - here we use XLSX for West Nile and TSV elsewhere, but all instances support both formats, and also a range of compression options. +Currently example data is available for West Nile virus, Ebola Zaire, CCHF, and Andes virus. Metadata can be supplied in TSV or XLSX format - here we use XLSX for West Nile and TSV elsewhere, but all instances support both formats, and also a range of compression options. diff --git a/example_files/andes_virus_test_metadata.tsv b/example_files/andes_virus_test_metadata.tsv new file mode 100644 index 0000000..9607228 --- /dev/null +++ b/example_files/andes_virus_test_metadata.tsv @@ -0,0 +1,2 @@ +fastaIds ampliconPcrPrimerScheme ampliconSize anatomicalMaterial anatomicalPart authorAffiliations authors bodyProduct breadthOfCoverage cellLine collectionDevice collectionMethod consensusSequenceSoftwareName consensusSequenceSoftwareVersion cultureId dehostingMethod depthOfCoverage diagnostic_measurement_method diagnosticMeasurementUnit diagnosticMeasurementValue diagnosticTargetGeneName diagnosticTargetPresence environmentalMaterial environmentalSite experimentalSpecimenRoleType exposureDetails exposureEvent exposureSetting foodProduct foodProductProperties geoLocAdmin1 geoLocAdmin2 geoLocCity geoLocCountry geoLocSite hostAge hostAgeBin hostDisease hostGender hostHealthOutcome hostHealthState hostNameCommon hostNameScientific hostOriginCountry hostRole hostTaxonId hostVaccinationStatus passageMethod passageNumber presamplingActivity previousInfectionDisease previousInfectionOrganism purposeOfSampling purposeOfSequencing qualityControlDetails qualityControlDetermination qualityControlIssues qualityControlMethodName qualityControlMethodVersion rawSequenceDataProcessingMethod referenceGenomeAccession sampleCollectionDate sampleReceivedDate sampleType sequencedByContactEmail sequencedByContactName sequencedByOrganization sequencingAssayType sequencingDate sequencingInstrument sequencingProtocol signsAndSymptoms specimenCollectorSampleId specimenProcessing specimenProcessingDetails bioprojectAccessions id travelHistory versionComment +test_ANDV-Chile-9717869_L test_ANDV-Chile-9717869_M test_ANDV-Chile-9717869_S Imaginary Institute of Example Virology Bloggs, Joe; Example, Jane; Placeholder, Alex Fantasyland Chile Homo sapiens 9606 NC_003468.2,NC_003467.2,NC_003466.1 1997 Chile-9717869 test_ANDV-Chile-9717869 Example data from Pathoplexus diff --git a/example_files/andes_virus_test_sequences.fasta b/example_files/andes_virus_test_sequences.fasta new file mode 100644 index 0000000..ae1f78c --- /dev/null +++ b/example_files/andes_virus_test_sequences.fasta @@ -0,0 +1,156 @@ +>test_ANDV-Chile-9717869_L +TAGTAGTAGACTCCGGGATAGAAAAAGTTAGAAAAATGGAAAAGTATAGAGAGATTCATCAGAGAGTTAGGGACCTTGCA +CCTGGAACGGTATCAGCATTCGAATGCATAGATCTACTGGATAGGCTCTACGCTGTCAGACATGACCTGGTTGACCAGAT +GATAAAACATGACTGGTCTGATAATAAAGATGTAGAAAGACCTATAGGTCAAGTTTTACTGATGGCTGGCATACCTAATG +ATATTATACAAGGCATGGAGAAGAAGATTATACCAAATAGCCCTTCTGGACAAGTATTGAAAAGCTTTTTCCGAATGACA +CCAGATAATTATAAAATTACAGGTAACTTGATTGAGTTTATTGAAGTGACTGTAACAGCTGATGTGTCACGAGGTATTAG +GGAGAAGAAAATAAAGTATGAAGGAGGCCTCCAATTTGTTGAGCACTTACTGGAAACTGAATCAAGGAAGGGTAATATAC +CGCAACCTTATAAAATAACAATCTCAGTGGTTGCAGTTAAAACAGATGGATCAAACATCTCGACTCAGTGGCCCAGTCGG +AGGAACGATGGGGTAGTTCAGCACATGCGTCTAGTCCAAGCTGATATAAATTATGTCAGAGAGCATTTAATAAAGTTAGA +TGAGAGAGCATCTTTGGAGGCAATGTTTAACTTAAAGTTCCATGTATCAGGCCCTAAACTGAGATACTTTAACATCCCTG +ATTATAGACCACAGCAGCTATGTGAACCACGGATTGACAACTTAATACAATATTGCAAGAATTGGTTGACAAAAGAACAT +AAGTTTGTATTCAAAGAAGTCAGTGGAGCTAATGTGATTCAAGCATTTGAGAGTCATGAACAGTTACATTTACAGAAATA +CAACGAATCACGAAAACCAAGAAATTTTTTACTCTTGCAGCTTACAGTGCAAGGGGCATATCTACCATCAACAATCAGTT +CTGACCAGTGCAATACTAGGATTGGGTGTCTAGAAATATCAAAAAACCAACCAGAAACACCAGTACAGATGCTTGCATTG +GATATATCTTATAAGTATCTGAGTCTTACAAGGGATGAGTTGATCAATTATTATAGCCCTAGAGTGCACTTTCAATCGAG +CCCTAATGTGAAGGAACCAGGGACACTGAAGTTAGGATTATCACAATTAAATCCACTCTCTAAATCAATTCTTGACAATG +ATGGAAAGCATAAAAAGGATAAAGGATTATTTGGTGAGATCATAGATAGCATAAATGTGGCAAGTCAAATACAGATCAAT +GCATGTGCAAAAATAATTGAGCAGATCTTATCAAATCTTGAAATAAACATTGGAGAAATAAATGCTAGTATGCCTTCTCC +TAATAAGACAACAGGTGTAGATGACCTGTTAAATAAATTTTATGATAATGAGCTTGGTAAATATATGTTATCCATTCTGA 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