docs: add submodules in api/pyobjcryst.rst

Author: ycexiao

docs/source/api/pyobjcryst.example_package.rst

@@ -10,21 +10,206 @@
     :undoc-members:
     :show-inheritance:
 
-Subpackages
------------
-
-.. toctree::
-   pyobjcryst.example_package
 
 Submodules
 ----------
 
-|module|
---------
+pyobjcryst.atom module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.atom
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.crystal module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.crystal
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.diffractiondatasinglecrystal module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.diffractiondatasinglecrystal
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.fourier module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.fourier
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.general module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.general
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.globaloptim module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.globaloptim
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.globals module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.globals
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.indexing module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.indexing
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.io module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.io
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.lsq module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.lsq
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.molecule module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.molecule
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.polyhedron module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.polyhedron
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.powderpattern module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.powderpattern
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.pyobjcryst_app module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.pyobjcryst_app
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.radiation module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.radiation
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.refineableobj module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.refineableobj
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.scatterer module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.scatterer
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.scatteringdata module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.scatteringdata
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.scatteringpower module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.scatteringpower
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.scatteringpowersphere module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.scatteringpowersphere
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.spacegroup module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.spacegroup
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.unitcell module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.unitcell
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.utils module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.utils
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+pyobjcryst.version module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+
+.. automodule:: pyobjcryst.version
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
 
-.. |module| replace:: pyobjcryst.example_submodule module
+pyobjcryst.zscatterer module
+^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 
-.. automodule:: pyobjcryst.example_submodule
+.. automodule:: pyobjcryst.zscatterer
     :members:
     :undoc-members:
     :show-inheritance: