Allow celltypist to use columnPrefix when running a custom model

bbimber · bbimber · commit 9c2e2681b72e · 2022-10-11T09:56:30.000-07:00
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunCelltypistCustomModel.R b/singlecell/resources/chunks/RunCelltypistCustomModel.R
@@ -2,7 +2,7 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
     seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
-    seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = modelFile)
+    seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = modelFile, columnPrefix = columnPrefix)
 
     saveData(seuratObj, datasetId)
 }

Original file line number	Diff line number	Diff line change
`@@ -2,7 +2,7 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {`
`2`	`2`	`printName(datasetId)`
`3`	`3`	`seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])`
`4`	`4`
`5`		`- seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = modelFile)`
	`5`	`+ seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = modelFile, columnPrefix = columnPrefix)`
`6`	`6`
`7`	`7`	`saveData(seuratObj, datasetId)`
`8`	`8`	`}`