Run UpdateSeuratObject() for all saved RDS files

bbimber · bbimber · commit 9882e69620dc · 2023-10-30T13:41:36.000-07:00
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AppendCiteSeq.R b/singlecell/resources/chunks/AppendCiteSeq.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!(datasetId %in% names(featureData))) {
         stop(paste0('No CITE-seq information found for datasetId: ', datasetId))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AppendMetadata.R b/singlecell/resources/chunks/AppendMetadata.R
@@ -8,7 +8,7 @@ Rdiscvr::SetLabKeyDefaults(baseUrl = serverBaseUrl, defaultFolder = defaultLabKe
 
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- Rdiscvr::QueryAndApplyCdnaMetadata(seuratObj)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AppendNimble.R b/singlecell/resources/chunks/AppendNimble.R
@@ -8,7 +8,7 @@ Rdiscvr::SetLabKeyDefaults(baseUrl = serverBaseUrl, defaultFolder = defaultLabKe
 
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   for (genomeId in names(nimbleGenomes)) {
     seuratObj <- Rdiscvr::DownloadAndAppendNimble(seuratObject = seuratObj, allowableGenomes = genomeId, targetAssayName = nimbleGenomes[[genomeId]], enforceUniqueFeatureNames = TRUE, dropAmbiguousFeatures = !retainAmbiguousFeatures)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AppendSaturation.R b/singlecell/resources/chunks/AppendSaturation.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!'DatasetId' %in% names(seuratObj@meta.data)) {
         stop('Seurat object lacks a DatasetId field!')
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AppendTcr.R b/singlecell/resources/chunks/AppendTcr.R
@@ -8,7 +8,7 @@ Rdiscvr::SetLabKeyDefaults(baseUrl = serverBaseUrl, defaultFolder = defaultLabKe
 
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- Rdiscvr::DownloadAndAppendTcrClonotypes(seuratObj, allowMissing = allowMissing)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/AvgExpression.R b/singlecell/resources/chunks/AvgExpression.R
@@ -43,7 +43,7 @@ GenerateAveragedData <- function(seuratObj, groupFields, addMetadata) {
 
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- GenerateAveragedData(seuratObj, groupFields = groupFields, addMetadata = addMetadata)
     saveData(seuratObj, datasetId)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CalculateGeneComponentScores.R b/singlecell/resources/chunks/CalculateGeneComponentScores.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- RIRA::ScoreUsingSavedComponent(seuratObj, componentOrName = savedComponent, fieldName = savedComponent)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CalculateUCellScores.R b/singlecell/resources/chunks/CalculateUCellScores.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     message(paste0('Loading dataset ', datasetId, ', with total cells: ', ncol(seuratObj)))
     seuratObj <- RIRA::CalculateUCellScores(seuratObj, storeRanks = storeRanks, assayName = assayName, forceRecalculate = forceRecalculate)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CellBarcodeFilter.R b/singlecell/resources/chunks/CellBarcodeFilter.R
@@ -1,7 +1,7 @@
 totalPassed <- 0
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   cellsToKeep <- colnames(seuratObj)
   if (!all(is.null(cellbarcodesToDrop))) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CheckExpectations.R b/singlecell/resources/chunks/CheckExpectations.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   if (requireSingleDatasetInput && length(unique(seuratObj$DatasetId)) > 1) {
     addErrorMessage(paste0('Seurat data prototypes must be a single dataset. Problem ID: ', datasetId))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CiteSeqDimReduxDist.R b/singlecell/resources/chunks/CiteSeqDimReduxDist.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
         print(paste0(assayName, ' assay not present, skipping'))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CiteSeqDimReduxPca.R b/singlecell/resources/chunks/CiteSeqDimReduxPca.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
         print(paste0(assayName, ' assay not present, skipping'))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CiteSeqPlots.R b/singlecell/resources/chunks/CiteSeqPlots.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
         print(paste0('Assay: ', assayName, ' not present, skipping'))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CiteSeqWnn.R b/singlecell/resources/chunks/CiteSeqWnn.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     tryCatch({
         if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/ClassifyTNKByExpression.R b/singlecell/resources/chunks/ClassifyTNKByExpression.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- Rdiscvr::ClassifyTNKByExpression(seuratObj)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/ClearCommands.R b/singlecell/resources/chunks/ClearCommands.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   seuratObj <- clearSeuratCommands(seuratObj)
   saveData(seuratObj, datasetId)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/ClrNormalizeByGroup.R b/singlecell/resources/chunks/ClrNormalizeByGroup.R
@@ -1,7 +1,7 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
 
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
     if (!('ADT' %in% names(seuratObj@assays))) {
         print('ADT assay not present, skipping')
     } else {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CommonFilters.R b/singlecell/resources/chunks/CommonFilters.R
@@ -1,7 +1,7 @@
 totalPassed <- 0
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
 	printName(datasetId)
-	seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+	seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 	origCells <- ncol(seuratObj)
 
 	print(paste0('Initial cells for dataset ', datasetId, ': ', ncol(seuratObj)))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/CustomUCell.R b/singlecell/resources/chunks/CustomUCell.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   toCalculate <- list()
   for (geneSet in geneSets) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/DietSeurat.R b/singlecell/resources/chunks/DietSeurat.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- Seurat::DietSeurat(seuratObj)
     saveData(seuratObj, datasetId)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/DimPlots.R b/singlecell/resources/chunks/DimPlots.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (field in fieldNames) {
         if (!(field %in% names(seuratObj@meta.data))) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/DoubletFinder.R b/singlecell/resources/chunks/DoubletFinder.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::FindDoublets(seuratObj, dropDoublets = dropDoublets)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/Downsample.R b/singlecell/resources/chunks/Downsample.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::DownsampleSeurat(seuratObj, targetCells = targetCells, subsetFields = subsetFields, seed = seed)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/DropAssays.R b/singlecell/resources/chunks/DropAssays.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (assayName in assayNames) {
         if (assayName %in% names(seuratObj@assays)) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/DropCiteSeq.R b/singlecell/resources/chunks/DropCiteSeq.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if ('ADT' %in% names(seuratObj@assays)) {
         seuratObj@assays$ADT <- NULL
diff --git a/singlecell/resources/chunks/FeaturePlots.R b/singlecell/resources/chunks/FeaturePlots.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (field in fieldNames) {
         if (ncol(Seurat::FetchData(seuratObj, vars = c('ident', field))) != 2) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/FilterDisallowedClasses.R b/singlecell/resources/chunks/FilterDisallowedClasses.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- FilterDisallowedClasses(seuratObj, sourceField = sourceField, outputFieldName = outputFieldName, ucellCutoff = ucellCutoff)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/FilterRawCounts.R b/singlecell/resources/chunks/FilterRawCounts.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- bindArgs(CellMembrane::FilterRawCounts, seuratObj)()
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/FindClustersAndDimRedux.R b/singlecell/resources/chunks/FindClustersAndDimRedux.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::FindClustersAndDimRedux(seuratObj, minDimsToUse = minDimsToUse)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/FindMarkers.R b/singlecell/resources/chunks/FindMarkers.R
@@ -1,7 +1,7 @@
 plotList <- list()
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     outFile <- paste0(outputPrefix, '.', makeLegalFileName(datasetId), '.markers.txt')
     datasetName <- datasetIdToName[[datasetId]]
diff --git a/singlecell/resources/chunks/Functions.R b/singlecell/resources/chunks/Functions.R
@@ -128,6 +128,16 @@ addErrorMessage <- function(f) {
     errorMessages <<- c(errorMessages, f)
 }
 
+readSeuratRDS <- function(filePath) {
+    seuratObj <- readSeuratRDS(filePath)
+    if (!('version' %in% slotNames(seuratObj)) || package_version(seuratObj@version) < package_version('5.0.0')) {
+        print('Updating older seurat object')
+        seuratObj <- Seurat::UpdateSeuratObject(seuratObj)
+    }
+
+    return(seuratObj)
+}
+
 print('Updating future.globals.maxSize')
 options(future.globals.maxSize = Inf)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/IntegrateData.R b/singlecell/resources/chunks/IntegrateData.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::PerformIntegration(seuratObj, splitField = splitField, nVariableFeatures = nVariableFeatures, nIntegrationFeatures = nIntegrationFeatures, k.weight = k.weight, dimsToUse = dimsToUse, integrationFeaturesInclusionList = integrationFeaturesInclusionList, integrationFeaturesExclusionList = integrationFeaturesExclusionList)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/MergeSeurat.R b/singlecell/resources/chunks/MergeSeurat.R
@@ -5,10 +5,10 @@ mergeBatch <- function(dat) {
     for (datasetId in names(dat)) {
         message(paste0('Loading: ', datasetId))
         if (doDiet) {
-            toMerge[[datasetId]] <- Seurat::DietSeurat(readRDS(dat[[datasetId]]))
+            toMerge[[datasetId]] <- Seurat::DietSeurat(readSeuratRDS(dat[[datasetId]]))
             gc()
         } else {
-            toMerge[[datasetId]] <- readRDS(dat[[datasetId]])
+            toMerge[[datasetId]] <- readSeuratRDS(dat[[datasetId]])
         }
     }
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/NormalizeAndScale.R b/singlecell/resources/chunks/NormalizeAndScale.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
     gc()
 
     seuratObj <- bindArgs(CellMembrane::NormalizeAndScale, seuratObj)()
diff --git a/singlecell/resources/chunks/PhenotypePlots.R b/singlecell/resources/chunks/PhenotypePlots.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     RIRA::PlotImmuneMarkers(seuratObj)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/PlotAssayFeatures.R b/singlecell/resources/chunks/PlotAssayFeatures.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (assayName in assayNames) {
         print(paste0('Processing assay: ', assayName))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/PlotAverageCiteSeqCounts.R b/singlecell/resources/chunks/PlotAverageCiteSeqCounts.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
   printName(datasetId)
-  seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+  seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
   if (!('ADT' %in% names(seuratObj@assays))) {
     print('ADT assay not present, skipping')
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RemoveCellCycle.R b/singlecell/resources/chunks/RemoveCellCycle.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- bindArgs(CellMembrane::RegressCellCycle, seuratObj)()
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunCellHashing.R b/singlecell/resources/chunks/RunCellHashing.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (id in unique(seuratObj$DatasetId)) {
         if (!(id %in% names(featureData))) {
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunCelltypist.R b/singlecell/resources/chunks/RunCelltypist.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     for (mn in modelNames) {
         seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = paste0(mn, '.pkl'), columnPrefix = paste0('celltypist.', mn, '.'), pThreshold = pThreshold, minProp = minProp, maxAllowableClasses = maxAllowableClasses, minFractionToInclude = minFractionToInclude, useMajorityVoting = useMajorityVoting, mode = mode, maxBatchSize = maxBatchSize, retainProbabilityMatrix = retainProbabilityMatrix)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunCelltypistCustomModel.R b/singlecell/resources/chunks/RunCelltypistCustomModel.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- RIRA::RunCellTypist(seuratObj, modelName = modelFile, columnPrefix = columnPrefix, pThreshold = pThreshold, minProp = minProp, maxAllowableClasses = maxAllowableClasses, minFractionToInclude = minFractionToInclude, useMajorityVoting = useMajorityVoting, mode = mode, maxBatchSize = maxBatchSize, retainProbabilityMatrix = retainProbabilityMatrix)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunConga.R b/singlecell/resources/chunks/RunConga.R
@@ -8,7 +8,7 @@ Rdiscvr::SetLabKeyDefaults(baseUrl = serverBaseUrl, defaultFolder = defaultLabKe
 
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     message('Processing entire dataset')
     seuratObj <- Rdiscvr::RunCoNGA(seuratObj, organism = organism, assayName = assayName, congaMetadataPrefix = paste0(congaMetadataPrefix, '.'), runCongaOutputFilePrefix = 'conga_output', pngConversionTool = pngConversionTool)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunLDA.R b/singlecell/resources/chunks/RunLDA.R
@@ -8,7 +8,7 @@ ldaFiles <- data.frame(DatasetId = character(), FileName = character())
 
  for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     if (!is.null(maxAllowableCells) && maxAllowableCells > 0 && ncol(seuratObj) > maxAllowableCells) {
        stop(paste0('The object has ', ncol(seuratObj), ' which is above the maxAllowableCells: ', maxAllowableCells))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunPCA.R b/singlecell/resources/chunks/RunPCA.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::RunPcaSteps(seuratObj, npcs = npcs)
 
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunPHATE.R b/singlecell/resources/chunks/RunPHATE.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- CellMembrane::RunPHATE(seuratObj, t = ifelse(is.null(phateT), yes = 'auto', no = phateT))
     print(DimPlot(seuratObj, reduction = 'phate'))
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunRiraClassification.R b/singlecell/resources/chunks/RunRiraClassification.R
@@ -1,6 +1,6 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
-    seuratObj <- readRDS(seuratObjects[[datasetId]])
+    seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
     seuratObj <- RIRA::Classify_ImmuneCells(seuratObj, maxBatchSize = maxBatchSize, retainProbabilityMatrix = retainProbabilityMatrix)
     seuratObj <- RIRA::Classify_TNK(seuratObj, maxBatchSize = maxBatchSize, retainProbabilityMatrix = retainProbabilityMatrix)
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunSDA.R b/singlecell/resources/chunks/RunSDA.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunScGate.R b/singlecell/resources/chunks/RunScGate.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunScGateBuiltin.R b/singlecell/resources/chunks/RunScGateBuiltin.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunSingleR.R b/singlecell/resources/chunks/RunSingleR.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/RunVision.R b/singlecell/resources/chunks/RunVision.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/SeuratPrototype.R b/singlecell/resources/chunks/SeuratPrototype.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/SplitSeurat.R b/singlecell/resources/chunks/SplitSeurat.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/SubsetSeurat.R b/singlecell/resources/chunks/SubsetSeurat.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/TcrFilter.R b/singlecell/resources/chunks/TcrFilter.R
diff --git a/singlecell/resources/chunks/TrainCelltypist.R b/singlecell/resources/chunks/TrainCelltypist.R
