Pass nCores to escape

Author: bbimber

singlecell/resources/chunks/RunEscape.R

@@ -1,8 +1,14 @@
+if (Sys.getenv('SEURAT_MAX_THREADS') != '') {
+    nCores <- Sys.getenv('SEURAT_MAX_THREADS')
+} else {
+    nCores <- 1
+}
+
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     printName(datasetId)
     seuratObj <- readSeuratRDS(seuratObjects[[datasetId]])
 
-    seuratObj <- CellMembrane::RunEscape(seuratObj, outputAssayBaseName = outputAssayBaseName, doPlot = TRUE, performDimRedux = performDimRedux)
+    seuratObj <- CellMembrane::RunEscape(seuratObj, outputAssayBaseName = outputAssayBaseName, doPlot = TRUE, performDimRedux = performDimRedux, nCores = nCores)
 
     saveData(seuratObj, datasetId)