Fix variable name

Author: bbimber

singlecell/resources/chunks/CiteSeqDimRedux.R

@@ -2,7 +2,7 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     seuratObj <- seuratObjects[[datasetId]]
     seuratObjects[[datasetId]] <- NULL
 
-    if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
+    if (!('ADT' %in% names(seuratObj@assays))) {
         print('ADT assay not present, skipping')
     } else {
         tryCatch({

singlecell/resources/chunks/CiteSeqPca.R

@@ -2,7 +2,7 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     seuratObj <- seuratObjects[[datasetId]]
     seuratObjects[[datasetId]] <- NULL
 
-    if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
+    if (!('ADT' %in% names(seuratObj@assays))) {
         print('ADT assay not present, skipping')
     } else {
         seuratObj <- bindArgs(CellMembrane::RunAdtPca, seuratObj)()

singlecell/resources/chunks/CiteSeqWnn.R

@@ -2,7 +2,7 @@ for (datasetId in names(seuratObjects)) {
     seuratObj <- seuratObjects[[datasetId]]
     seuratObjects[[datasetId]] <- NULL
 
-    if (!(assayName %in% names(seuratObj@assays))) {
+    if (!('ADT' %in% names(seuratObj@assays))) {
         print('ADT assay not present, skipping')
     } else {
         seuratObj <- bindArgs(CellMembrane::RunSeuratWnn, seuratObj)()