Preemptive gc() for all seurat

Author: bbimber

singlecell/resources/chunks/Functions.R

@@ -25,4 +25,6 @@ print('Updating future.globals.maxSize')
 options(future.globals.maxSize = Inf)
 
 print(paste0('R memory: ', memory.limit()))
-print(paste0('R_MAX_VSIZE: ', Sys.getenv('R_MAX_VSIZE')))
+print(paste0('R_MAX_VSIZE: ', Sys.getenv('R_MAX_VSIZE')))
+
+options('Seurat.memsafe' = TRUE)

singlecell/resources/chunks/NormalizeAndScale.R

@@ -1,6 +1,4 @@
 for (datasetId in names(seuratObjects)) {
-    options('Seurat.memsafe' = TRUE)
-
     # Preemptively cleanup:
     seuratObj <- seuratObjects[[datasetId]]
     seuratObjects[[datasetId]] <- NULL